輕風流水2017.05.01 回答

因為Illumina測序的讀長短，如果是single end測序，匹配和拼接都比較困難。paired-end測序雖然無法測通整個片段（一般是300-500 bp），但加上pair的資訊，分析的可靠性相對要好很多。

不過paired-end測序基本都不是strand specific的，在一些特定的場合，比如要分析natural antisense transcript的時候就不合適了。

匿名2017.05.01 回答

轉錄組測序中的“可變剪下位點”和csnp區域是什麼意思

因為illumina測序的讀長短，如果是single end測序，匹配和拼接都比較困難。paired-end測序雖然無法測通整個片段（一般是300-500 bp），但加上pair的資訊，分析的可靠性相對要好很多。

不過paired-end測序基本都不是strand specific的，在一些特定的場合，比如要分析natural antisense transcript的時候就不合適了。